Bom, ja fiz alguns sistemas em PHP com MySql e é claro precisavam de algum tipo de segurança, alguns com níveis de acesso que eu chamo de Perfil. Para começar devemos primeiro pensar na Aplicação, utilizarei como teste uma aplicação com nível de acesso por Telas.
Primeiro teremos uma tabela com as Telas do sistema "tb_tela":
Só isso, um código para a tela, e um nome para a mesma, você deverá utilizar esse nome e código para a geração do menu.
Agora a tabela de Usuários "tb_usuario":
Pra deixar melhor, você pode criar um índice único no campo usr_login para que não ocorra de cadastrar usuários com logins idênticos, imagina dois "admin" ?
A tabela de Perfil onde são cadastrados os Níveis de acesso "tb_perfil":
Agora o relacionamento entre Tela e Perfil gerando um acesso válido "tb_permissao":

Ok, não entendeu patavinas? eu explico.
Cada usuário tem um perfil (tb_perfil), cada tela do seu sistema esta cadastrada na tb_tela.
Ao criar um relacionamento entre perfil e tela automaticamente eu crio uma permissão para esse perfil a essa tela.
Agora você pode usar sua linguagem de preferência e aplicar a logica ao modelo.
Abraços
Kleber Taliba Martins
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